Nguyên Thiện Kiến sinh năm 524. Cha Nguyên Thiện Kiến là Thanh Hà vương Nguyên Đản (元亶), Đản là con trai và thừa kế tước Thanh Hà vương của Nguyên Dịch (元懌), và Dịch là con trai của Hiếu Văn Đế. Mẹ của ông, Hồ vương phi, là một cháu gái của Hồ Chân (胡真), Hồ Chân là thúc bá của Hồ Thái hậu (mẹ của Hiếu Minh Đế). Nguyên Thiện Kiến là con trai cả của Nguyên Đản và cũng là người kế tự.

Năm 534, Hiếu Vũ Đế (một anh họ của Nguyên Đản) đã tìm cách chống lại quyền kiểm soát của tướng Cao Hoan, ông ta liên minh với các tướng Vũ Văn Thắng và Hạ Bạt Thắng. Khi Cao Hoan biết chuyện và hành quân về Lạc Dương, Hiếu Vũ Đế đã chạy trốn đến lãnh địa của Vũ Văn Thái. Nguyên Đãn ban đầu chạy trốn cùng với Hiếu Vũ Đế, song ngay sau đó đã đổi ý và quay trở lại Lạc Dương. Sau khi Cao Hoan tiến vào Lạc Dương, ông ta cho Nguyên Đản tạm thời đảm đương quyền lực của hoàng đế trên danh nghĩa, Nguyên Đản trở nên ngạo mạn và tự xem mình là hoàng đế kế tiếp. Cao Hoan trong thực tế cũng đang tìm một hoàng đế mới để thay thế Hiếu Vũ Đế, song ông ta cảm thấy rằng Nguyên Đản không phải là người thích hợp, và do đó đã chọn Nguyên Thiện Kiến làm hoàng đế (tức Hiếu Tĩnh Đế). (Nguyên Đản bối rối và sợ hãi nên đã quyết định chạy trốn về phía nam, có lẽ là đến Lương, song Cao Hoan đã lúc bắt và đưa Nguyên Đản về Lạc Dương.) Điều này đã chính thức phân chia Bắc Ngụy thành Đông Ngụy (với Hiếu Tĩnh Đế) và Tây Ngụy (với Hiếu Vũ Đế).